خانواده ویروس کرونا از لحاظ ژنتیکی دارای RNA های تک‌رشته‌ای هستند که بین ۲۶ تا ۳۲ کیلوبیس طول دارند.

ویروس‌های این خانواده می‌توانند از طریق میزبان‌های مختلف (پستاندارانی مثل خفاش، شتر و زباد نخلی نقاب‌دار) به انسان منتقل شوند. میزبان اولیه‌ی این ویروس‌ها به طور دقیق مشخص نیست اما با بررسی شباهت‌هایی که بین ژنوم کرونا ویروس موجود در انسان با ژنوم کرونا ویروس موجود در هر یک از حیوانات ناقل وجود دارد، می‌توان تا حدی به منشا اصلی انتقال ویروس پی برد.

گونه‌های مختلف کرونا ویروس که تا به امروز سبب ایجاد بیماری در انسان‌ها شده‌اند عبارتند از: MERS-CoV، SARS-CoV و ۲۰۱۹-nCoV (SARS-CoV۲). هر سه گونه از نظر توالی ژنتیکی شباهت‌هایی با یکدیگر دارند اما تفاوت آن‌ها به اندازه‌ای هست که هر کدام را گونه‌ای جدید از این ویروس اعلام کرده‌اند.

SARS-CoV۲ از نظر توالی ژنتیکی ۸۰ درصد مشابه SARS-CoV و ۵۰ درصد مشابه MERS-CoV است. نتایج مقایسه‌ی ژنوم SARS-CoV۲ با ژنوم کرونا ویروس موجود در خفاش نشان داده است که این ویروس ۸۶ درصد شبیه به دو گونه کرونا ویروس موجود در خفاش با نام های bat-SL-CoVZC۴۵ و bat-SL-CoVZXC۲۱ است.

بنابراین میزبان اصلی این گونه کرونا ویروس به احتمال زیاد خفاش‌ها هستند. این در حالی است که دو گونه SARS-CoV و MERS-CoV علی‌رغم شباهت‌هایی که با ژنوم موجود در کرونا ویروس خفاش‌ها دارند (درصد شباهت پایین‌تر از SARS-CoV۲) از نظر ژنتیکی تطابق بیشتری با کرونا ویروس‌های موجود در زباد نخلی نقاب‌دار و شتر دارند (MERS-CoV صد در صد شباهت ژنتیکی با ژنوم کرونا ویروس شتر).

بنابراین می‌توان نتیجه گرفت که ممکن است خفاش به عنوان ناقل حد واسط در چرخه‌ی انتقال این دو گونه ویروس نقش داشته باشد اما احتمالا میزبان نهایی SARS-CoV، زباد نخلی نقاب‌دار و میزبان نهایی MERS-CoV، شتر بوده است.